PLS-DA w metabolomice

Co to jest compositional data? To dane “względne” (mierzone w stosunku do czegoś0. Są wyłącznie dodatnie, a istotna informacja zawarta jest tylko w proporcjach pomiędzy wartościami. Nowy interesujący artykuł w Journal of Chemometrics [1] zwraca uwagę na częste występowanie takich danych w metabolomice i związane z tym niuanse dyskryminacyjne w metodzie PLS-DA. W marcu polecałem również inny artykuł [2] o czynieniu tej metody “mniej magiczną” – dziś też warto po niego sięgnąć w ramach “doczytania”.

Share on Google+Share on LinkedInTweet about this on TwitterShare on Facebook

References

  1. A. Kalivodová, K. Hron, P. Filzmoser, L. Najdekr, H. Janečková, and T. Adam, "PLS-DA for compositional data with application to metabolomics", Journal of Chemometrics, vol. 29, pp. 21-28, 2014. http://dx.doi.org/10.1002/cem.2657
  2. R.G. Brereton, and G.R. Lloyd, "Partial least squares discriminant analysis: taking the magic away", Journal of Chemometrics, vol. 28, pp. 213-225, 2014. http://dx.doi.org/10.1002/cem.2609

Comments

comments

Comments are closed